Кяхтинская средняя школа-интернат была основана в 1957 году на базе реорганизованной бурятской средней школы. На основании приказа Министерства Бурятской АССР №163 от 28 октября 1961г «О мерах по обеспечению общеобразовательных школ учительскими кадрами» в ноябре 1961г при школе-интернате был организован педагогический класс для подготовки учителей начальных классов, в количестве 30 человек.

Многие из выпускников этого класса достойно трудились в школах нашего района. С 1957 -1963гг школа-интернат находилась в здании бывшего реального училища, ныне средняя школа №4  г. Кяхта.1963г. - построено новое здание  школы. На протяжении 38 лет в нашей школе обучались и воспитывались дети животноводов из разных сел района и республики. Среди воспитанников интерната были дети из малообеспеченных, многодетных семей и круглые сироты.

В 1974 году на базе школы, как одной из образцовых школ-интернатов республики, был проведен семинар заведующих РАЙОНО и директоров школ-интернатов Сибири и Дальнего Востока.  

В сентябре 1995г школа-интернат была реорганизована в общеобразовательную среднюю школу с двумя социальными группами на 50 мест. В 1990г в нашей школе был возобновлен набор в педагогический класс. В 1999г был последний выпуск такого класса.

Выпускники этих классов имели право без вступительных экзаменов поступить в педагогический вуз и училища. В октябре 2001 года наша школа была включена в Университетский образовательный комплекс Бурятского Государственного Университета. По результатам тестирования был открыт первый гимназический класс. Формирование классов углублённого изучения предметов осуществляется  с 8 класса.  Со времени включения школы в УОК состоялся 1 выпуск гимназического класса математического профиля в 2005г. Из 17 учащихся 4 закончили с серебряной медалью, поступили в ВУЗ 16 человек. В БГУ на разные факультеты 9 человек. Из них в Институт математики и информатики -  5 человек.

Долгие годы проработали в интернате учителями и воспитателями замечательные педагоги: Базарова Е.Э., Мадасова М.А., Сверкунова Р.М., Архинчеева Т.К., Бухольцева Т.К., Гонгорова Х.Б.,Смородникова М.А., Шагжиева А.Б., Бухольцева Н.М., Алексеева В.А., Шелковникова А.А., Верницкая З.И., Антон Л.Н., Типаева С.Б., Летяев В.П., Кананыхина А.Г., Бадмаева В.Ц., Воробьева А.Д., Сергеева А.Е., Дылыкова Г.Г.,  Дубинина Ф.И.